É muito simples. Se você tiver um único filtro trabalhando em um fluxo de vídeo:
ffmpeg -i input -filter:v "scale=-1:480" output
… e você deseja adicionar um segundo filtro, tudo o que você precisa fazer é adicioná-lo com uma vírgula:
ffmpeg -i input -filter:v "scale=-1:480, fps=fps=30" output
Isso gerará uma cadeia de filtros. Você não precisa especificar entrada e saída aqui, uma vez que ele apenas pegará o fluxo de vídeo do arquivo de entrada.
Se, por outro lado, você tiver um filtro gráfico complexo (ou seja, um que use várias cadeias e várias entradas / saídas), você deve enviar a saída da cadeia de filtros para a próxima entrada da cadeia de filtros, separar as cadeias por ponto e vírgula ( ; ) e, em seguida, mapeie a saída geral do filtro para o arquivo de saída:
ffmpeg -i input1 -i input2 -filter_complex "[0:v][1:v] overlay [ol]; \ [ol] scale=-1:480 [outv]" -map "[outv]" output
Claro, você pode usar quantas cadeias e filtros quiser. Leia a documentação do filtro de impressão para obter mais informações. Existem muitos exemplos de como combinar filtros.