O FileZilla não suporta a sincronização automática de arquivos / pastas: link
Tudo o que podemos fazer é destacar as diferenças entre as pastas local e remota.
Veja Visualizar > Comparação de diretório .
Se você precisar de sincronização automática de pastas, precisará usar um cliente FTP / SFTP diferente.
Por exemplo, o WinSCP suporta a sincronização de diretórios :
Parasincronizaçãobidirecional,selecioneaopçãoBothnodiretórioDirection/Target:
(eu sou o autor do WinSCP)