Você pode tentar usar um AppleScript para definir o tamanho e a posição da janela.
Você pode fazer algo semelhante a:
tell application "Safari"
activate
set the bounds of the first window to {100, 0, 1000, 700}
end tell
Você também pode definir o tamanho e a posição das janelas subseqüentes usando a 'segunda janela'.
Espero que isso ajude.