Há o registro mestre de inicialização (MBR) e há várias possibilidades, dependendo do gerenciador de inicialização que você está usando (carregador de inicialização do Windows, GRUB / LILO ou algum produto de terceiros).
Se você restaurar a unidade C: a partir de uma imagem de unidade, o gerenciador de inicialização original será restaurado e os outros sistemas operacionais ainda serão inicializáveis.
Editar: você pode usar o EasyBCD para editar o Gerenciador de inicialização do Vista e corrigir problemas .