Em termos de vírus, a maioria deles se espalha de forma tão agressiva no Windows XP, porque quase todos fazem login com privilégios administrativos. No Ubuntu (Linux), você nunca deve logar diretamente no sistema como "root" (na verdade, o Ubuntu não permite que você efetue login como root, por padrão). Dessa forma, mesmo se você baixasse algo malicioso, provavelmente infectaria apenas os arquivos aos quais seu usuário específico tem acesso. Já ouvi falar de vírus capazes de encontrar o caminho para o modelo de segurança do Linux, mas isso é mais uma exceção muito rara do que a regra.
Para aqueles raros momentos em que você absolutamente precisa de privilégios elevados, você pode prefixar esses comandos com "sudo" (enquanto no terminal). Mas, mesmo assim, você deve ter cautela e dedicar algum tempo extra para pensar sobre o que está fazendo. Mesmo um bom modelo de segurança não poupa você da má administração do sistema.
De qualquer forma, eu corri o Fedora e o Ubuntu em casa por 6 ou 7 anos e nunca tive problemas com vírus.