Compilar seu software em uma VM é uma ótima maneira de "se acostumar" com um sistema operacional. Sem dúvida, todos os avisos terríveis sobre o seu próprio são verdadeiros, para uma máquina de produção , mas você será melhor a longo prazo se você cometer seus erros agora.
Se houver algum motivo para desinstalar uma versão anterior, isso deve ser observado em um arquivo README ou INSTALL. Se não, deve ser seguro apenas executar 'make install', que sobrescreverá a versão antiga. Faça um instantâneo da sua VM antes de "make install". Quando, não se, algo quebrar, tente consertá-lo. Se você não conseguir corrigi-lo, reverta para o instantâneo e tente novamente.
Se mais tarde, você quiser desfazer completamente o que você fez, o Makefile tem todas as informações que você precisa para desinstalar. Você pode escrever seu próprio alvo "desinstalar" ou fazê-lo manualmente com apenas "rm". Tenha em mente outras as coisas podem ter se tornado dependentes do software , então a estratégia de snapshots também faz sentido para a desinstalação.
Para toda a bondade dos gerenciadores de pacotes, eles têm algumas falhas. Alguns pacotes têm dependências enormes para adicionar recursos nos quais você não está interessado. Às vezes, eles não têm a versão do software que você deseja. Às vezes eles não têm o software.
Se você encontrar um desses problemas em uma máquina importante e depender totalmente dos gerenciadores de pacotes, seus erros serão caros. Mas agora, você pode simplesmente reverter para o último bem conhecido e seguir em frente, um pouco mais sábio.