Eu acabei de me deparar com isso - eu suspeito que você tenha instalado a versão para Windows do Pandoc. No cygwin, se você executar which pandoc
você obtém algo como /cygdrive/c/Program Files (x86)/Pandoc/pandoc
?
Nesse caso, parece que a versão espera caminhos no estilo do Windows (por exemplo, C: \ caminho \ para \ pdflatex), mas o cygwin provavelmente está dando a ele algo como "/ caminho / para / pdflatex".
Você pode encontrar sucesso construindo o pandoc a partir do código-fonte, dentro do seu ambiente cygwin.