Eu uso um sistema HP / Apollo para trabalho que é projetado para que o relógio funcione devagar, mas uma placa-mãe moderna de PC não deve fazer isso.
Você pode usar um servidor NTP para sincronizar o relógio com um padrão de horário, mas deve ser capaz de manter um tempo melhor (do que está vendo) sem ele.
Eu concordaria com a teoria que diz que é o cristal RTC. O que você está vendo pode ser uma indicação de que está prestes a falhar completamente.