Esse comportamento incomum está ocorrendo porque essas pastas do menu Iniciar (Manutenção, Acessórios e Ferramentas Administrativas) estão na pasta do menu iniciar do perfil E na pasta do menu Iniciar 'Todos os Usuários'.
Para modificar as pastas como você indicou, você precisará fazer as alterações nas duas pastas de perfil.
por exemplo,
Todos os usuários: C: \ Usuários \ todos os usuários \ AppData \ Roaming \ Microsoft \ Windows \ Menu Iniciar \ Programas
Seu perfil: C: \ Usuários \% Nome de usuário% \ AppData \ Roaming \ Microsoft \ Windows \ Menu Iniciar \ Programas