Suas unidades provavelmente estão formatadas com NTFS.
Uma unidade só pode ser formatada para NTFS se não estiver marcada para "remoção rápida".
O que significa que você deve desligar corretamente sua máquina antes de desligar ou remover sua unidade NTFS.
Para cópia, você pode usar o RoboCopy; ele não tem uma verificação, mas tem um modo de backup muito rápido (que você pode usar quando estiver conectado como administrador e for elevado ao token de administrador).
XXCOPY tem verificação, e uma boa comparação RoboCopy / XXCOPY é aqui .
Para meus backups, eu uso um sistema RAID com verificação ativa. Isso significa que regularmente verifica todos os volumes RAID para integridade. Não é barato, mas vale o dinheiro.