Tente isso na linha de comando (estou assumindo a unidade C; ajuste conforme apropriado):
chkntfs /x c:
/X Excludes a drive from the default boot-time check. Excluded
drives are not accumulated between command invocations.
Use isso para ver se uma unidade precisa ser verificada ou está configurada para ser verificada na próxima inicialização:
chkntfs c: