A julgar pela forma como o LLVM e o Clang foram integrados à base do FreeBSD, acho que você precisará hackear os componentes internos do Clang para configurar os caminhos da biblioteca e dos cabeçalhos ( lib/Frontend/InitHeaderSearch.cpp
) para o seu sistema.
Usar a libc ++ como padrão definitivamente precisa mudar o código (grep lib/Frontend/CompilerInvocation.cpp
para "UseLibcxx"). Provavelmente, você também precisará hackear o vinculador do sistema para alterar -lstdc++
para -lc++
.