Eu sei que a pergunta é bem antiga, mas surgiu na minha busca por essa mesma coisa.
Descobri [ 1 ] [ 2 ] que você pode simplesmente chamar:
rdiff-backup --force source/ dest/
e o rdiff-backup criarão os arquivos de soma de verificação / dados necessários para converter um espelho simples em um destino de backup do rdiff.