A MS technet diz que isso acontece se o ícone é dimensionado para cima ou para baixo.
Foram corrigidos problemas semelhantes ao atualizar a área de trabalho clicando com o botão direito do mouse na área de trabalho e escolhendo "mostrar área de trabalho" ou "atualizar"
Se você tem o Windows 7, o Pbergonzi do Cnet sugere:
Clique com o botão direito em Área de trabalho → Visualizar → Alterar Ícones grandes para Ícones médios ou Ícones pequenos.