Bem, alguns programas substituem essa opção de atalho. Com isso, quero dizer que, quando começam, decidem explicitamente se querem ser minimizados, maximizados ou "normais", sem respeitar a opção que você definiu no atalho.
Por exemplo, as etapas que você listou funcionarão para o atalho do bloco de notas, mas não para o atalho do VLC.