Eu tenho vários sistemas que não quero atualizar ou outras mensagens. Eu preferiria apenas verificar logs. A menos que você queira entrar em cada programa (por exemplo, Configurações de rede »Desativar notificações), ainda assim receberá mensagens do sistema.
Você poderia:
su -
chmod 000 /usr/libexec/notification-daemon
reboot
Isso deve funcionar na maioria dos sistemas GNOME3, mas mata todas as mensagens.