Eu não sei sobre o Snort, mas sei um pouco sobre balanceadores de carga. Então, aqui estão algumas coisas que podem ser úteis.
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Mova o sensor Snort para estar antes de HAProxy. -
Deixe o sensor onde está, mas transforme o HAProxy em um proxy transparente. Isso requer a diretiva "usesrc clientip". - Deixe o sensor onde está, mas deixe o HAProxy inserir o cabeçalho "x-forwarded-for" (se você estiver usando HTTP) e então deixe o Snort ler esse cabeçalho usando a diretiva "enable_xff"
EDIT: Removidas sugestões incompatíveis com a decodificação de TLS. A sugestão restante deve funcionar para HTTP (somente HTTP). E só é útil se você tem algo que pode decodificar os dados unified2 (barnyard2, u2pewfoo), já que Snort gravará o "True-Client-IP", não há nenhuma opção para que seja registrado como a origem. Veja o URL abaixo para mais informações.