Então, depois de algum googling, descobri que o CDT para o Eclipse depende de outros componentes específicos do Eclipse, como bundle org.eclipse.rse.ui
(aquele que estou perdendo e causando o erro). Uma nova instalação do Eclipse pode ainda não incluir todos eles, mas eles podem ser facilmente instalados.
Select Help > Install New Software... Click the link for Available Software Sites. Ensure there is an update site named juno. If this is not present, click Add... and enter http://download.eclipse.org/releases/juno for the Location.
Agora, ao passar pelas etapas de instalação, o Eclipse deve baixar e instalar as dependências do plug-in e tudo funciona bem!