Você não pode fazer telnet ou SSH do host para o convidado? Dessa forma, você não precisa configurar a área de transferência compartilhada, está usando um console remoto e, desde que seu cliente telnet / SSH local ofereça suporte à colagem, você não terá que se preocupar com nada.
(nota: achei isso buscando uma maneira de colar de um host do Ubuntu para um guest do Ubuntu, ambos com GUIs, então estou sugerindo uma solução que funcionaria bem para você, mas não para mim. você tem um motivo para precisar colar diretamente no console local, então me desculpe, mas estou procurando uma resposta para a mesma pergunta.)