scp deve funcionar bem. Em um ambiente de internet, a velocidade geral geralmente será determinada mais pela rede do que a criptografia feita pelo programa scp. Na rede privada, seu plano de usar o blowfish para facilitar o carregamento da CPU é bom. Pessoalmente, eu não usaria o comando nice a menos que sua carga de CPU de produção já seja alta. A maioria dos servidores é IO limitada, não tem CPU limitada - mas você conhece seu sistema melhor do que eu. E definitivamente faça um checksum md5 ou sha256 no resultado.