Atualmente, estou conseguindo reproduzir o problema no ReSharper v6.0. O problema provavelmente deriva de uma chamada File.Exists () que não detecta o arquivo quando oculta. Assim, registrei um ticket para uma possível resolução:
RSRP-287503 Erro ao salvar as configurações da solução (ReSharper.user) se o arquivo estiver oculto
Eu não diria que os programas do Windows são inconsistentes ao trabalhar com arquivos ocultos, mas deve-se ter cuidado ao projetar o software para acomodar adequadamente situações em que o acesso a um arquivo oculto pode entrar em ação (como neste caso com o ReSharper)