Isso depende da configuração do proxy. Em muitos casos, quando você efetua login usando seu navegador da Web, o proxy sabe que seu computador (ou pelo menos essa placa de rede) é válido na rede - autentica seu endereço MAC. Isto é, por exemplo, como alguns pontos de acesso WI-FI funcionam e o motivo pelo qual você pode obter outros serviços através deles depois de ter autenticado uma vez.
Se, por outro lado, o seu proxy usa um cookie para autenticar apenas o seu navegador (o que eu não tenho certeza é possível), você está praticamente ferrado.
Em resumo, tente fazer login com seu navegador e, em seguida, execute o gerenciador de pacotes. O pior que pode acontecer é que ele falha.