Existem algumas maneiras de alterar as cores usadas pelo emacs.
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Se você quiser uma coloração de sintaxe com as cores do terminal, o link abaixo oferece algumas configurações para o terminal ativá-lo Realce da sintaxe do Emacs em Sem modo de janela
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Caso contrário, você pode usar temas de cores, Temas de cores . (Funciona para o emacs 23).
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Altere-o manualmente, conforme explicado aqui: Alterar as cores de destaque da sintaxe do Emacs .