xset -dpms funcionou quando eu estava indo de um convidado linux para um host windows e o host linux estava piscando há algum tempo. De qualquer forma, agora meu ambiente de desenvolvimento é linux completo em vários computadores, e esse problema persistiu. O que eu achei como uma maneira super hackeada de me deixar sentindo como se fosse 'Lá, eu arrumei!' - Isso estava iniciando a instância de sinergia da máquina cliente e, em seguida, passava rapidamente do host o mouse sobre a outra caixa. Isso de alguma forma evita que a tela flicker aconteça, pelo menos até eu sair um pouco da minha mesa e voltar com o material do protetor de tela balançando as coisas de novo. Considerando que eu tenho trabalho real para fazer, é bom o suficiente por agora (ou pelo menos até que o desenvolvedor pare de ser enfurecedor e comece a distribuir atualizações de seu aplicativo gratuitamente de novo do que sua ideia pervertida de como o software livre deveria ser distribuído! )