Não acho que seja possível obter o efeito que você está procurando.
O Eclipse usa o SWT como seu kit de ferramentas de janelas, e se bem me lembro, ele tem suporte limitado para janelas transparentes e translúcidas. Esse suporte provavelmente está limitado a toda a janela e não a partes dela.
O SWT usa uma classe Shell que é a janela real, criando um Shell com a sinalização NO_TRIM que fará com que o plano de fundo seja transparente. Como esta janela é criada pela plataforma Eclipse, duvido que seja possível acessá-la através de um plugin.
Se você sentir vontade de criar um plug-in, provavelmente será possível obter suporte translúcido acessando diretamente as funções do kit de ferramentas nativo (a API do WIN32 ou a API do GTK) e aplicando-as aos componentes do Eclipse. Como tenho conhecimento limitado dos plugins do Eclipse, não posso direcioná-lo a nenhum ponto de partida específico para a criação desse plug-in. Desculpe.