Você deve personalizar as variáveis "default-frame-alist" e "initial-frame-alist" via ellisp no seu arquivo init.el ou através do M-x customize.
Veja o bom manual: 29.3.2 Parâmetros iniciais do quadro
Por exemplo, para definir quadros com metade da largura e altura de uma exibição de 1280 x 800:
(setq default-frame-alist (add-to-list 'default-frame-alist '(width . 640))) (setq default-frame-alist (add-to-list 'default-frame-alist '(height . 400)))