Tem certeza de que a unidade foi formatada para NTFS? Sem saber exatamente o que aconteceu no seu utilitário de instalação (eu não usei isso há algum tempo, mas eu não acho que o Wubi deva formatar para um formato que não seja da Microsoft, mas eu não posso assumir isso também), ele pode ter formatado como outra coisa. Eu tentaria inicializar em um LiveCD do Linux para verificar. Caso contrário, pode ter sido corrompido. Talvez suas conexões USB não tenham sido estáveis e os dados tenham sido gravados pela metade na unidade.
Se você está preocupado em obter dados dele, existem utilitários que você pode encontrar on-line para recuperar arquivos de um disco rígido formatado. Eu tive sucesso com alguns. No entanto, faz um ano que eu tive que fazer isso, então não consigo encontrar o nome do software que usei off-hand. Mas uma pesquisa no Google provavelmente apresentará muitas soluções úteis.