O que você tem é uma bagunça de hacks, um empilhado em cima do outro, e tentar usar um script AutoHotkey para traduzir caminhos só tornará isso ainda pior.
O que você precisa é eliminar esse absurdo e fazer uma instalação adequada do Cygwin , que dará um emulador de terminal apropriado no mintty e um ambiente de shell Unix adequado que já teve muito trabalho feito para que ele funcione bem com o Windows - por exemplo, há um utilitário, cygpath , que é incluído por padrão com Cygwin, e que traduz com precisão caminhos em ambas as direções.
Não sei por que as pessoas ultimamente parecem tão entusiasmadas com o Git Bash sobre o Cygwin. A julgar pela página que você cita para o processo que você seguiu, instalar o Cygwin é, na verdade, um esforço menor do que empilhar os hacks, e você terá uma melhor experiência com isso.