Minha instalação do cygwin não contém esquema solarizado.
1) Você deve ter certeza de que seu esquema é de 256 cores, como, por exemplo, zenburn colorscheme.
2) Você deve ter certeza se sua versão vim suporta 256colors. É fácil, apenas desmarque a opção "ANSI X3.64 / xterm 256 color" nas configurações do ConEmu ("Recursos" na página ATM) e você deve obter sequências ANSI raw no console, como esta captura de tela:
Sevocêaindavê"cores" estranhas, mas não RAW ANSI (← [48; 5; ...) isso significa que sua versão vim não suporta o xterm. O Vim tenta aproximar o seu esquema interessante para simples 8 cores .
Infelizmente, não sei por que o cygwin vim não gosta de usar 256 cores em execução no ConEmu, independentemente das configurações estritas. Por exemplo, o vim oficial corre bem o xterm.