Primeiro, descubra o que você atualizou. Sistema - > Administração - > Synaptic > Arquivo > História. Procure por qualquer coisa que pareça relacionada a um problema gráfico ou atualização de driver. Veja se você pode reverter para uma versão anterior do programa suspeito.
Você estava usando um driver externo para sua placa gráfica? Alguns cartões da Nvidia pedem para instalar um programa de terceiros que é muito melhor em lidar com algumas configurações. Talvez o seu driver personalizado (se você tiver um) tenha sido derrotado.
A única outra coisa em que consigo pensar é um problema com o monitor. Tente redefinir as configurações de fábrica ou tente um monitor diferente para ver se isso funciona.