Você pode gerenciar isso configurando um projeto Textmate. Um projeto Textmate (supondo que funciona bem similar a um projeto SublimeText) é um arquivo em algum lugar no seu computador, este arquivo tem um monte de metadados sobre o seu projeto, por exemplo quais pastas devem ser guardadas na gaveta do projeto (você também pode ter outro projeto -específicas como tema, configurações de recuo etc.). Se você abrir um projeto, a gaveta do projeto abrirá automaticamente com as pastas especificadas no arquivo do projeto.
Você pode encontrar algumas informações importantes sobre aqui no manual Textmate
Se você se sentir confortável com o Terminal e tiver a configuração do comando mate , poderá fazer isso para iniciar um novo projeto:
$ cd my_project
$ mate .
Isso inicializará a estrutura de diretórios que você tem em my_project como um novo projeto Textmate. Caso contrário, você pode salvar seu projeto atual no menu de contexto da TM.
Assim como a expansão padrão / redução de pastas dentro de seu projeto, e a abertura padrão de arquivos - eu não tenho certeza sobre como o Textmate lida com ele para projetos, estou acostumado com o SublimeText atualmente. O SublimeText funciona da mesma maneira que o Textmate e eles têm os recursos que você está descrevendo com certos arquivos abertos por padrão quando você abre o programa.