Como Scott observou em um comentário , as versões modernas do macOS têm uma caixa de seleção chamada "Fechar janelas ao sair de um aplicativo" a seção "Geral" das Preferências do Sistema:
Desmarcar essa caixa fará com que os aplicativos fechados se lembrem de suas janelas abertas e de seu conteúdo, e reabri-los quando você reiniciar o aplicativo.
Alternativamente, se você preferir habilitar este recurso somente para o Safari , você pode selecionar "Safari abre com: Todas as janelas da última sessão" na guia "Geral" nas preferências do Safari:
Observe que essa opção específica do Safari fica oculta quando a opção geral "Fechar janelas ao sair de um aplicativo" Preferências do sistema está desmarcada, pois seria redundante nesse caso.
Além disso, conforme observado por Chris Johnsen , é possível reativar o item de menu "Sair do Safari" para um item diferente, menos acionável atalho de teclado (por exemplo, ⌥⌘Q) via Preferências do Sistema → Teclado → Atalhos → Atalhos de aplicativos:
Infelizmente, o AFAIK não tem uma maneira fácil de religar o mesmo atalho para todos os aplicativos, já que o nome do item de menu é obviamente diferente para cada aplicativo.
Todas as imagens capturadas e descritas são testadas no macOS High Sierra versão 10.13.4 com o Safari 11.1. Obviamente, versões posteriores podem mudar o funcionamento das coisas.