Duas possibilidades:
Primeira possibilidade: Instrua seu colega a usar o filtro "BibTeX export" do Endnote para exportar o banco de dados no formato BibTeX. Esteja ciente de que o Endnote permite que você escreva seus próprios filtros de exportação, e não é difícil escrever um filtro de exportação BibTeX melhor que o fornecido.
Segunda possibilidade: Instrua seu colega a salvar o banco de dados (do Endnote) no próprio formato Endnote-XML do Endnote (que é presumivelmente uma representação de texto do formato usual do Endnote). Você então poderá usar o bibutils para converter o arquivo Endnote-XMl em vários outros formatos (BibTeX e alguns menos famosos também).
Estão disponíveis vários gerenciadores de referência que usam o BibTeX como seu formato base: meu favorito é o Jabref (é um programa java, portanto, funciona no Windows e no Linux). Além disso, os arquivos BibTeX são bastante fáceis de editar com o seu editor de texto favorito.
Idealmente, você quer persuadir seu colega a atualizar do Endnote para o JabRef. Para minimizar o trauma, você poderia apontar que há um conversor do BibTeX para o Endnote disponível que permitiria que ele / ela resgatasse se tudo ficar muito pesado. O conversor do BibTeX-Endnote está disponível no link e é tão cheio de recursos que pode até importar o BibTeX itálico (muito mais fácil do que tentar itálico dentro do Endnote).
Minha única crítica ao JabRef é que o filtro de exportação do MS-Word 2007 não estava correto da última vez que eu olhei. Minha solução é usar bibutils para converter o arquivo BibTeX no formato XML usado pela ferramenta de bibliografia do Word 2007 (mas isso ainda precisa de um pouco de pós-processamento para esclarecer uma confusão entre "Journal" e "Periodical"; eu uso um pequeno script sed para esta arrumação).
Você não diz como produz documentos no seu computador Linux. Se você usa [La] TeX, então o formato BibTeX é o óbvio para usar (com o programa bibtex, é claro!). Se você usa o ConTeXt, então o bibtex ainda é uma opção. Se você usar o [Open | Libre] Office, talvez queira ver as várias extensões que fornecem interação, por exemplo, bibtex.
Eu não tenho nenhuma afiliação com nenhum dos programas acima: minhas respostas refletem o que funciona para mim.