Esta é realmente uma solução "feia", mas você pode adicionar o script clássico de logon / inicialização e, após a primeira execução, remover esse script automaticamente.
#!/bin/bash
your command &
rm /path/to/script/yourscript.sh
O script será removido, por isso não pode ser iniciado novamente.
(Tenho certeza que há uma solução melhor, mas eu não sei.)