Este artigo deve esclarecer isso para você. Essencialmente, isso tem a ver com a maneira como as partições são criadas e acessadas nas unidades. A forma como o software lê e escreve fora de uma unidade pode ser baseada em padrões antigos que novos tipos de unidades (SSD como um exemplo primário) ou sistemas operacionais (win vista ou 7) não necessariamente seguem. Isso pode fazer com que as partições recém-criadas fiquem desalinhadas com a estrutura subjacente do disco, o que cria mais ciclos de leitura / gravação e diminui o desempenho, e no caso de SSDs, pode reduzir drasticamente sua vida útil.