Um instalador escrito corretamente instalará (depois de perguntar) a versão correta do .NET framework que ele precisa.
Então, instalando o .NET 4 agora você:
a) poupe-se um pouco de tempo quando você instalar um programa desse tipo, pois não terá que fazer essa etapa.
b) protege contra um instalador incorretamente escrito para um programa que requer o .NET 4, mas não faz o download para você.
Cada versão do .NET framework é independente, portanto, se você tiver o .NET 3.5 instalado, qualquer programa que segmente essa versão continuará a ser executado. Existem atualizações separadas da Microsoft para cada versão do framework.
Portanto, instalar o .NET 4 não oferecerá melhorias de desempenho ou segurança extra para os aplicativos que você já instalou.