Você pode criar uma marca d'água clicável usando o método de carimbo. Primeiro faça um pdf com o seu link. Crie uma página em branco com o seu link na posição em que ele precisa estar em word ou algum outro processador de texto (ou faça uma página html) e salve como pdf / print em pdf. Portanto, se o seu documento é original.pdf e a marca d'água do hiperlink que você acabou de criar é link.pdf, o uso seria:
pdftk original.pdf stamp link.pdf output final.pdf
O pdf final ainda terá texto selecionável e seu link será impresso em cima do conteúdo original na posição em que você o colocou, em todas as páginas do pdf original. Obviamente, você precisa incluir caminhos de pasta se o carimbo e o original não estiverem na mesma pasta