O Free Download Manager é um open source gerenciador de downloads com um poderoso agendador que permite fazer exatamente o que você precisa.
Você pode criar tarefas para iniciar todos os downloads à meia-noite todas as noites e uma segunda tarefa para interrompê-los às cinco da manhã.
O fórum também contém links para as versões beta mais recentes dos desenvolvedores. Eles foram, na minha experiência, muito estáveis.