Os arquivos .desktop são realmente parte do próprio pacote, então, é claro, o .desktop será atualizado dentro do pacote.
De fato, os arquivos .desktop podem ser encontrados em 3 lugares diferentes.
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/usr/share/applciations
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/usr/share/app-install/desktop
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~/.local/share/applications
Mas tenha cuidado com algumas dicas:
Os .desktop no /usr/share/applciations e os /usr/share/app-install/desktop serão atualizados, pois estão relacionados ao sistema e os arquivos .desktop são criados durante a instalação via apt-get ou Ubuntu Software Center .
Mas, para ter certeza de que seu arquivo não será alterado, você poderá colocá-lo em ~/.local/share/applications , já que esses diretórios são para o próprio usuário, portanto, ele não será alterado, a menos que você o tenha feito.
Pergunta relacionada: Por que existem diretórios redundantes para arquivos .desktop?