Eu acredito que é legítimo. Eu recebo essas atualizações de tempos em tempos também. Eu noto mudanças significativas no meu tweetdeck depois que ele atualiza o programa e eu não recebo nenhuma lentidão residual ou outras alterações no meu computador.
Veja algumas informações sobre o wyUpdate (wyDay):
link (explica o que é)
link (algumas FAQ's)
EDITAR:
Além disso, como as notas de versão do TweetDeck para a v2.0.1 mencionam o wyUpdate por nome, acho que podemos concluir de forma decisiva que é um software legítimo.