Instead of low noises I was greeted by what I can best describe as a very faint sound similar to what a cell phone vibrating on a hard table would sound like.
Antes de assumir que o barulho foi porque os alto-falantes estão ruins, você descartou as vibrações? Os alto-falantes estão sentados em uma mesa de madeira ou frouxamente atados à parede? Tente apertar os parafusos de montagem ou colocá-los em uma esteira de borracha / tecido.
When raised to sufficient amplitude it produced an inaudible but extremely annoying and headache-inducing sensation. When raised further it just played a kind of low tone.
O estranho comportamento dos ruídos de alta frequência é, na verdade, normal. À medida que você aumenta o tom, obtém resultados inconsistentes (incluindo notas baixas súbitas e contraintuitivamente), especialmente com alto-falantes mais baratos.
Is playing demanding audio through crummy speakers detrimental to their lifespan?
Bem, sim, tocar certas frequências e amplitudes em alto-falantes que não podem suportá-los pode danificá-los.
If so, can it be abused to create malicious 'speaker-destroyer' files and is this a valid concern?
Quanto a um arquivo de áudio mal-intencionado, pode-se danificar os alto-falantes, mas e se o volume estiver baixo? Nada iria acontecer. É como se alguém envenenasse uma bebida. Se você não beber o suficiente, o veneno não vai te matar. Se você costuma acionar o sistema e os volumes de onda para 100% e aumentar o pré-amplificador do player, provavelmente acabará danificando seus alto-falantes de qualquer maneira.
I guess this could also be a software issue but I was able to reproduce it on multiple laptops
Também pode ser a placa de áudio. Tente aumentar a opção PCI Latency Timer no BIOS para ver se a placa de som ainda produz ruídos estranhos.