Esses programas não estão sendo executados durante o tempo de CPU "inativo", eles estão sendo executados como processos de baixa prioridade. Quando um sistema operacional está executando vários aplicativos, ele usa um agendador de processos para determinar quais processos obtêm acesso à CPU e com que frequência. Isso é chamado de multitarefa preventiva.
O planejador usa prioridades de processo para determinar quais processos obtêm acesso à CPU. Um processo de Prioridade Normal terá prioridade no planejador sobre um processo de prioridade Ocioso, mas a CPU ainda está sendo usada e há alguma sobrecarga na alternância de contexto entre threads e processos.
Como a CPU está funcionando a 100% o tempo todo, em vez de ter ciclos inativos disponíveis, não é difícil imaginar que alguns processos e interrupções possam demorar mais do que se a CPU estivesse inativa devido à sobrecarga de comutação de threads.
Alguns desses programas têm a opção de realmente interromper a execução do processo quando o computador está em uso. Eles fazem isso por meio da atividade detectada do mouse ou do teclado e se desativam por um determinado período de tempo até que o computador esteja ocioso novamente, em que ponto eles iniciarão o backup. Eu sugeriria olhar para essa opção.
Outra coisa a salientar é que, quando uma CPU está inativa, utiliza significativamente menos energia do que quando está em uso total. Então, enquanto seus programas estão usando ciclos de CPU "extras", eles podem facilmente dobrar o consumo de energia do seu PC, o que custa vários dólares por mês em eletricidade.