Você poderia tentar
cat {A,A,B}.csv | sort | uniq -u
cat imprime o conteúdo de ambos os arquivos, sort classifica a saída (obviamente) e uniq -u exclui todas as entradas duplicadas (deixando apenas aquelas com uma ocorrência) se você tiver uma entrada dupla em uma das entradas listas ele será apagado, claro, então você tem que garantir antes, que você não faz. Como apontado por Ben Voigt nos comentários, você precisa cat A duas vezes para garantir a exclusão de todas as entradas.
Você pode acrescentar >> C.csv à linha de comando para gravar o conteúdo em um arquivo.
cat {A,A,B}.csv | sort | uniq -u >> C.csv