Veja as subtitles opções de filtro .
Use a opção force_style com um nome de fonte passado para o parâmetro ASS FontName para forçar uma fonte diferente:
ffmpeg -i video.avi -vf subtitles=subtitle.srt:force_style='FontName=DejaVu Serif' out.avi
Você pode precisar especificar um caminho de fonte com a opção fontsdir . Isso se aplica se o provedor de fontes ( coretext no seu caso) não incluir o caminho onde sua fonte está instalada.