O comando unzip -lv file.zip imprime o conteúdo do file.zip , incluindo o CRC32 de todos os arquivos do arquivo (obtenha unzip para Windows no link ou Sourceforge ).
Tendo isso, você pode simplesmente usar
unzip -lv file1.zip > list1.txt
unzip -lv file2.zip > list2.txt
e compare o conteúdo de list1.txt vs list2.txt usando o utilitário como diff ou diffuse . Se você quiser uma abordagem mais automatizada, pode escrever um script simples em Perl ou Python para comparar esses arquivos de listagem (dica - use o hash Perl ou o dicionário Python em cada arquivo CRC32 que foi impresso por unzip -lv .