No Windows 7 (e talvez até mais cedo) há uma conta chamada TrustedInstaller, que tem em alguns lugares privilégios mais altos do que a conta SYSTEM (desculpe, não consegui encontrar o artigo que eu li sobre isso).
Outra possibilidade é que de alguma forma (provavelmente manualmente) as permissões da conta SYSTEM sejam removidas do objeto que você está tentando obter.
De qualquer forma, o que exatamente você está tentando fazer que requer privilégios SYSTEM?