Eu encontrei exatamente o mesmo requisito e foi muito fácil. Em Configurações > Configurações gerais da interface de administração, basta esvaziar o "Listen on the ports:". Além disso, vá para "Configurações de FTP sobre TLS" e desmarque "Permitir FTP explícito por TLS", pois isso não funcionará sem mesmo assim.
Depois de apertar Ok, ele dirá o seguinte no log: "Criando o socket de escuta na porta 990 ..." ou qualquer porta que você tenha configurado para FTP implícito. Considerando que antes desta mudança, listaria ambos:)