Não é obrigatório, mas ainda é uma boa ideia. A razão para isso (para resumir MUITO, porque eu não tenho um bom link à mão) é que as leituras e gravações não são do mesmo tamanho, então os arquivos que se sobrepõem aos blocos exigirão mais operações do que não, o que prejudica o desempenho e diminui a vida útil da unidade.
Windows Vista / 7 e eu acredito que o mais novo kernel do Linux já faz isso por você, por padrão, quando formata uma unidade, então não é uma preocupação tão grande assim mesmo. (Não tenho certeza sobre o OS X).