Meu palpite é que o diálogo está certo: o disco está cheio. Parece-me que a seleção que você usou para calcular o tamanho do disco não é totalmente precisa. Talvez existam arquivos ocultos ou de sistema que não estejam incluídos em sua pesquisa (por exemplo, a lixeira pode ocupar bastante espaço e geralmente é excluída da seleção).
Eu aconselharia o download do SequoiaView , um aplicativo da idade da pedra que usei muito . Ele mostra o uso real do disco em um mapa, por isso é muito fácil ver onde você perde o espaço.