Talvez não seja msconfig, MAS você pode remover quaisquer entradas no registro que estiverem presentes, basta abrir o regedit na sua máquina e abrir o arquivo ntuser.dat na pasta do usuário no disco rígido. A localização dos itens de inicialização que estão no msconfig pode ser encontrada no registro (googlable). Eu esqueço onde o arquivo .dat para a chave hklm é, mas é googlable. Além disso, geralmente esses vírus hoje em dia só corrompem o perfil do usuário, portanto, a exclusão da chave reg para o perfil do usuário geralmente é resolvida. (Eu não li o seu link, não tenho certeza da gravidade do vírus).